La structure du système de fichiers d'un système d'exploitation est son niveau d'organisation le plus bas. Presque toutes les manières selon lesquelles un système d'exploitation interagit avec ses utilisateurs, ses applications et son modèle de sécurité dépendent de la façon dont il stocke ses fichiers sur des périphériques de stockage. Le fait d'avoir une structure de système de fichiers commune garantit que les utilisateurs et les programmes puissent non seulement avoir accès aux fichiers mais qu'ils puissent également y enregistrer des données.
Les systèmes de fichiers réduisent les fichiers en deux catégories logiques :
Fichiers partageables contre fichiers non-partageables
Fichiers variables contre fichiers statiques
Les fichiers partageables sont accessibles aussi bien localement qu'à partir d'hôtes distants, alors que les fichiers non-partageables sont seulement disponibles localement. Les fichiers variables, comme des documents, peuvent être modifiés à tout moment. Les fichiers statiques, tels que les fichiers binaires, ne peuvent être changés sans l'action directe de l'administrateur système.
Les fichiers sont considérés de la sorte en raison des différents types d'autorisations données aux répertoires qui les contiennent. La façon selon laquelle le système d'exploitation et ses utilisateurs intergassient avec un fichier donné détermine le répertoire dans lequel ce dernier est placé, selon qu'il est monté avec des permissions en lecture-seule ou en lecture-écriture et selon le niveau d'accès octroyé à chaque utilisateur sur le fichier en question. Le niveau le plus élevé de cette organisation est crucial. En effet, l'accès aux sous-répertoires peut être limité ou des problèmes de sécurité pourraient survenir si le niveau le plus élevé est mal organisé ou s'il ne suit pas une structure rigide.
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